حروف مختلف تلفظ یکسان

سلام چرا برای حرفهای ث ، س ، ص و ت ، ط و ذ ، ز ، ظ ، ض و ح ، ه و ا ، ع که در زبان فارسی دارای تلفظ یکسان هستند حروف یا علامتهای مختلف در نظر گرفته اند؟